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残件あるのに100%と表示するのは誤認招きますね。(子チケットで200件超える場合ですが）

進捗率は親チケット自体にintで持っており（done_ratio 100%->100 ）、
チケット編集保存に再計算されます。
下記箇所を変更すれば良いかと思います。(動作確認はしていません）

下記変更後に、親チケットを編集等で再計算させないと反映されません。

app/model/issue.rb

def recalculate_attributes_for(issue_id)
  ..
    progress = done / (average * children.count)
    p.done_ratio = progress.round

最後のround（四捨五入）を、floor（小さい方の整数へ変換）に変更

この変更により、進捗が0.5%以上1%未満の場合の表示が 1%→0%に変わりますが、
0.5%未満は従来から0ですし、問題は少ないでしょう。(数値が変わること以外)
これが問題になる場合には、progressの範囲により丸め処理を変更すれば良いこと。

見積時間を利用している場合、
浮動小数点演算が途中に入っているため、
算出した値が100になるべきところ、誤差で99.999999999 の様になる可能性があります。

この場合、roundで四捨五入していれば100%になりますが、floorで切り捨てすると99%になります。
（進捗率は%単位の整数値で保持している）

ということで

progress = done / (average * children.count)
p.done_ratio = (progress+0.000001).floor

の様に処理する方が良さそうです。